Giám mục Giuse Nguyễn Văn Yến được tấn phong giám mục năm 1988, thời Giáo hoàng Gioan Phaolô II, bởi:[8]

• Giám mục Chủ phong: Hồng y – Tổng giám mục chính tòa Tổng giáo phận Hà Nội Giuse Maria Trịnh Văn Căn.
• Hai giám mục Phụ phong: Giám mục Giuse Maria Nguyễn Tùng Cương, giám mục chính tòa Giáo phận Hải Phòng và giám mục Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng, giám mục chính tòa Giáo phận Bắc Ninh.

Giám mục Giuse Nguyễn Văn Yến là Giám mục Phụ phong cho các giám mục:[8]

• Năm 2001, giám mục Giuse Hoàng Văn Tiệm, cố Giám mục chính tòa Giáo phận Bùi Chu.
• Năm 2009, giám mục Giuse Nguyễn Năng, hiện đang là Tổng giám mục Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh.